شرکت های دانش بنیان موسسات خصوصی و تعاونی هستند که دانش و علم و فناری جز لاینفک دارایی و زیرساخت آن ها می باشد. در این شرکت ها پیشرفت و توسعه اقتصادی و در نهایت تولید ثروت بر مبنای دانش و تحقیق بنا شده است و در نهایت تجاری سازی نتایج تحقیق و توسعه (طراحی – تولید کالا - خدمات) در حوزه فناوری های برتر و با ارزش افزوده بسیار فراوان تشکیل می شود.

طبق آیین نامه مصوب،شرکت های دانش بنیان ،اهدافی نظیر ، ترغیب هیئت علمی دانشگاه ها و واحدهای ‌پژوهشی برای فعالیت های بیشتر در رفع نیاز جامعه و امکان افزایش درآمد اعضای هیئت علمی، تجاری سازی یافته های پژوهشی، افزایش درآمدهای اختصاصی دانشگاه ها و واحدهای ‌پژوهشی موضوع کلی فعالیت دانش بنیان را دنبال می کنند.

البته در ایران واحدهای دولتی به صورت دائمی در این خصوص از ابتدای ثبت و همچنین در حین فعالیت اقدام به راستی آزمایی می نمایند. دلیل این راستی آزمایی تسهیلات و معافیت های مالیاتی است که برای اینگونه شرکت ها در نظر گرفته می شود.

الف-شرکت هایی که فقط اعضای هیات علمی مالک آن هستند.

در این شرکت ها سهام دانشگاه کمتر از 50 درصد می باشد و شرکت دانش بنیان یک شرکت خصوصی تلقی می شود که تابع قانون تجارت است و باید در اداره ثبت شرکت ها ثبت شود.

ب-شرکت هایی که دانشگاه ها نیز در آن مالکیت دارند.

در این نوع شرکت سهام دانشگاه بیشتر از 50 درصد است ، شرکت دانش بنیان یک شرکت دولتی محسوب می شود . مهمترین اصل در این شرکت ها خدمات علمی ، فنی و تحقیقات می باشد.

شرکت های دانش بنیان،اساساَ کالا تولید نمی کنند و عموماَ،زمین یا ماشین آلات خاصی نیز ندارند. بلکه همیشه عده ای از افراد تحصیلکرده و با تجربه اطلاعاتی تولید می کنند که این اطلاعات ، محصولات اصلی شرکت محسوب شده و برایشان درآمدزایی دارد. بحث طرح های صنعتی و مالکیت معنوی محصولات ، همیشه از دغدغه های اصلی شرکت محسوب می شود که حفظ حقوق معنوی این اطلاعات یکی از مهم ترین مسائل حقوقی در شرکت های دانش بنیان می باشد، زیرا اصولاَ این دارایی ها قابل لمس نمی باشند.

1-انجام تحقیقات کاربردی.

2-ارائه خدمات تخصصی و مشاوره ای (خدمات علمی و تحقیقاتی و فنی).

3-تولید محصولات یا فناوری نوین(توسعه فناوری).

4-انجام خدمات نظارت بر تحقیقات پژوهشی، اجرایی و مشاوره ای.

5- ارائه ی خدمات توسعه کار آفرینی.

6-ایجاد مراکز رشد و خدمات ایجاد و توسعه ی کسب و کار.

7-ارائه ی خدمات توسعه ی محصول جدید.

8-ارائه ی خدمات ورود کسب و کاربه بازار بین المللی و جهانی کردن آن ها.

9-برنامه ریزی و اجرای طرح های توسعه ی کارآفرینی در سطوح ملی ، منطقه ای و محلی.

شرکت های دانش بنیان در بیشتر زمینه ها می توانند فعالیت کنند . پایه و اساس شرکت های دانش بنیان و محصولات و خدماتی که ارائه می دهند بر مبنای تکنولوژی و روش تولید محصولات و خدمات می باشد.

شرکت های دانش بنیان، اساساَ کالا تولید نمی کنند و عموماَ،زمین یا ماشین آلات خاصی نیز ندارند.بلکه همیشه عده ای از افراد تحصیلکرده و با تجربه اطلاعاتی تولید می کنند که این اطلاعات ، محصولات اصلی شرکت محسوب شده و برایشان درآمدزایی دارد.بحث طرح های صنعتی و مالکیت معنوی محصولات ،همیشه از دغدغه های اصلی شرکت محسوب می شود که حفظ حقوق معنوی این اطلاعات ،یکی از مهم ترین مسائل حقوقی در شرکت های دانش بنیان می باشد،زیرا اصولاَ این دارایی ها قابل لمس نمی باشند.

با توجه به سه معیار گفته شده محصولات یا خدمات شرکت‌های دانش‌بنیان پس از بررسی (تخصصی و هم ترازی محصولات) در فهرست کالاها و خدمات دانش‌بنیان سطح ۱ یا ۲ قرار می‌گیرد .

• کالاها و خدمات دانش‌بنیان سطح ۱:

فهرستی که بعنوان محصولات در حوزه فناوری‌های برتر و باارزش افزوده بالا و پیچیدگی فنی بالا، به تصویب کارگروه می‌رسد. و متوسط فعالیتهای تحقیق و توسعه درآن ها بیشتر از سایر حوزه های فناوری و صنعتی است. نظیر حوزه های فناوری زیستی(پزشکی،کشاورزی،صنعتی و محیط زیست)، فناوری نانو (محصولات و مواد) ،فوتونیک و اپتیک (موادقطعات و سامانه ها) ، فناوری اطلاعات و ارتباطات و نرم افزارهای کامپیوتری، انرژ‌ی های نو(هسته ای و تجدید پذیر) دارو، الکترونیک، مواد پیشرفته، ساخت و تولید پیشرفته و هوافضا (پرنده ها ، ماهوا ره ها و موشکها).

• کالاها و خدمات دانش‌بنیان سطح ۲:

فهرستی که بعنوان محصولات در حوزه فناوری‌های برتر و با ارزش افزوده بالا و با پیچیدگی فنی کمتر نسبت به فهرست کالاها و خدمات دانش‌ بنیان سطح یک به تصویب کارگروه می‌رسد. محصولات موجود در این فهرست، مشمول استفاده از معافیت مالیاتی نخواهند بود.

• حمایت های دولتی نظر معافیت از پرداخت مالیات ، عوارض حقوقی گمرکی و سود بازرگانی و عوارض مالیاتی به مدت 15 سال.
• تامین تمام یا بخشی از هزینه تولید عرضه یا بکارگیری نواوری و فناوری با اعطاء تسهیلات کم بهره (بلند مدت یا کوتاه مدت) و یا بی بهره بلند مدت یا کوتاه مدت بر طبق عقود شرعی.
• اولویت استقرار واحدهای پژوهشی، فناوری و مهندسی و تولیدی شرکتها و مؤسسات دانش‌بنیان موضوع این قانون در محل پارکهای علم ‌وفناوری، مراکز رشد، مناطق ویژه اقتصادی یا مناطق ویژه علم‌وفناوری.
• اولویت واگذاری تمام یا بخشی از سهام مراکز و مؤسسات پژوهشی دولتی قابل واگذاری براساس ضوابط قانون اصلاح موادی از قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران و اجراء سیاستهای کلی اصل چهل و چهارم (44) قانون اساسی به شرکتها و مؤسسات دانش‌بنیان موضوع این قانون.
• ایجاد پوشش بیمه‌ای مناسب برای کاهش خطرپذیری محصولات دستاوردهای دانش، نوآوری و فناوری در تمام مراحل تولید، عرضه و به کارگیری.
• تسهیل شرایط مناقصه در موضوعات مرتبط با ماده (1) و تمهید امکان مشارکت شرکتها و مؤسسات دانش‌بنیان.

این شرکت ها و موسسات، تنها می توانند برای کالاهای دانش بنیان خود معافیت مالیاتی دریافت نمایند به عنوان مثال: اگر شرکتی دارای 5 محصول باشد که 2 محصول آنان به عنوان دانش بنیان تایید و 3 محصول دیگر ایشان مردود شده باشد، این شرکت تنها برای 2 محصول تایید شده می تواند تا 15 سال معافیت مالیاتی دریافت نماید.

فرآیند اعطای معافیت مالیاتی به شرکت های دانش بنیان هر ساله در سه ماهه اول، ارزیابی هایی تحت عنوان “ارزیابی مالیاتی” از سوی معاونت علمی ریاست جمهوری صورت می پذیرد. البته این موضوع برای شرکت هایی که مستقر در پارک های علم و فناوری هستند، اندکی متفاوت است. ارزیابی این شرکت ها توسط پارک های علم و فناوری در همان زمان صورت می گیرد و کالاهایی که داخل پارک علم و فناوری هستند از طریق معافیت پارک ها و کالاهای دانش بنیانی که خارج از پارک علم و فناوری تولید می گردند، از طریق دانش بنیان و معاونت علمی ریاست جمهوری معافیت خواهند گرفت. در این ارزیابی ها محصولات از نظر فنی بررسی می شوند و در کنار آن مهمترین بخش این ارزیابی که یافتن نام های تجاری جدید است، صورت می پذیرد.

شرکت/موسسه متقاضی درصورتی‌ که بعد از طی مراحل ارزیابی، به‌عنوان ثبت شرکت دانش‌بنیان تایید شود، لازم است مقررات و تعهدنامه زیر را رعایت نماید:

الف- تعهدات مالی و حسابداری:

شرکت/موسسه موظف است گردش مالی شفاف (نظیر دارا بودن دفاتر قانونی معتبر، اسناد مالی درآمد و هزینه معتبر، گردش وجوه نقد صرفاً از طریق حساب‌های بانکی رسمی شرکت/موسسه، ثبت به‌ موقع و صحیح اسناد مالی، و رعایت استانداردهای حسابداری) داشته باشد و طبق نظام‌نامه مالی مشخص نسبت به ثبت فعالیت­های مالی، عملیاتی و جاري خود اقدام ­نماید. اهم موارد مدنظر در نظام‌نامه مالی شرکت/موسسه به شرح زیر است:

1. كليات اصول مالی (کلیه وقایع عملیات مالی شرکت/موسسه و نحوه تنظیم، ثبت و نگهداری دفاتر و حساب­ها و گزارش‌های مالی بر اساس اصول و موازین پذیرفته‌شده حسابداری باشد.).
2. اعضاء و شرح وظايف واحد مالي (اعضاء واحد مالي شركت شامل مدير مالي، رييس حسابداري، كارشناس حسابداري و تحصيلدار است).
3. درآمد و هزینه‌ها (درآمدهای تحقق‌یافته به حساب یا حساب‌های بانکی شرکت/موسسه واریز می‌گردد و برداشت از این حساب با تعیین محل مصرف با امضاء مجاز مذکور در اساسنامه خواهد بود).
4. اموال (شرکت/موسسه به‌منظور محاسبه هزینه استهلاک دارائی­های ثابت طبق قانون مالیات‌های مستقیم عمل می‌نماید).
5. قیمت تمام‌شده (به‌منظور دستیابی به هزینه محصولات و خدمات تولید و ارایه شده شرکت/موسسه، هزینه مواد مستقیم مصرفی، دستمزد مستقیم و سربار ساخت محاسبه و در حساب‌ها ثبت می­گردد).
6. سایر (شرکت/موسسه مکلف است فرم اظهارنامه مالیات و مالیات بر ارزش‌افزوده و همچنین گزارش خریدوفروش فصلی را طبق قوانین مربوطه تهیه و در موعد مقرر ارسال نماید).

ب- تعهدات مربوط به معافیت مالیاتی (در صورت برخورداری از معافیت مالیاتی):

در صورت استفاده شرکت/موسسه از مزایای معافیت مالیاتی ذیل قانون، شرکت/موسسه موظف است به‌منظور بهره‌برداری از کل مبلغ معافیت مالیاتی برای توسعه فعالیت‌های دانش‌بنیان خود، گزارشی از اقدامات خود (عملکرد و مالی) در یک یا چند مورد از زمینه‌های زیر (مرتبط با کالا و خدمت تایید شده شرکت/موسسه)، را حسب مورد در اختیار دبیرخانه کارگروه قرار داده و اسناد مالی آن را برای رسیدگی در محل شرکت/موسسه، در دسترس قرار دهد:

1. توليد محصول جدید مبتنی بر تحقیق و توسعه.
2. ارتقای کیفی محصولات دانش‌بنیان فعلی يا بهبود فرآيند توليد آن‌ها (بهبود ویژگی‌های کیفی، اخذ و پیاده‌سازی استانداردهای کیفی محصول و…).
3. خرید تجهیزات آزمایشگاهی و تجهیزات بخش تحقیق و توسعه.
4. توسعه بازارهای صادراتی محصولات دانش‌بنیان. 
5. ایجاد شرکت/موسسه زایشی (برای تولید محصولات دانش‌بنیان با ماهیت حقوقی جدید).
6. همکاری‌های استراتژیک تحقیقاتی با شرکت/موسسه‌های داخلی و خارجی برای توسعه محصول فعلی و یا تولید محصول جدید.
7. سرمایه‌گذاری در شرکت/موسسه‌های نوپا به‌صورت خرید سهام یا مشارکت مدنی در انجام طرح‌های دانش‌بنیان.

ج- سایر موارد در رابطه با دانش بنیان:

1. شرکت/موسسه به هیچ نحو، حق استفاده از عنوان «دانش‌بنیان» در عرضه محصولات و ارائه خدمات خود در قالب سربرگ شرکت/موسسه، نام‌گذاری محصول، برچسب و…، و در هرگونه تبلیغات (از طریق بروشور، کاتالوگ، سامانه اینترنتی، شبکه‌های اجتماعی، جراید، مجلات و روزنامه‌ها، صداوسیما و سایر رسانه‌های مکتوب، دیداری و شنیداری) و همچنین ادعای ارتباط با معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری و واحدهای تابعه و استفاده از لوگوی معاونت علمی و فناوری رئیس‌جمهور و «کارگروه ارزیابی و تشخیص شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان» و یا ادعای داشتن مجوز از آن‌ها را نداشته و ندارد.
2. دبیرخانه کارگروه به‌منظور نظارت بر روند اخذ معافیت‌ها و تسهیلات، در صورت لزوم کارگزاران ارزیاب خود را برای بازدیدهای تصادفی از محل فعالیت شرکت/موسسه و بررسی اسناد و مدارک مرتبط با شرکت/موسسه، اعزام می‌نماید. لذا شرکت/موسسه موظف است با کارگزاران ارزیابی، همکاری کافی نماید.
3. شرکت/موسسه موظف است اطلاعات و اسناد موردنیاز (اظهارنامه مالیاتی، اسناد مالی و …) را حسب مورد در اختیار «کارگروه ارزيابي و تشخيص شركت‌ها و موسسات دانش‌بنیان» و کارگزاران ارزیابی مربوط قرار دهد و مدارک موردنیاز در فرآیند اعطای هر حمایت و تسهیلات (ازجمله تکمیل اطلاعات درخواست معافیت مالیاتی، ارائه اظهارنامه مالیاتی، قرارداد و گزارش حسابرسی و…) را طبق روال و زمان‌های مشخص‌شده توسط دبیرخانه کارگروه ارسال نماید.
4. چنانچه شرکت/موسسه بر اساس گزارش دستگاه‌های ذی‌ربط یا نظارت‌های دوره‌ای، با کتمان اطلاعات یا ارائه اطلاعات ناصحیح، از حمایت‌های مربوط برخوردار شده باشند، یا حمایت‌ها و تسهیلات اعطاشده را برای مقاصد دیگری مصرف نموده باشد، ضمن محرومیت از استفاده مجدد از حمایت‌های قانون، با ارجاع به مراجع قانونی ذیصلاح، علاوه بر پرداخت اصل حمایت‌های دریافت شده، مشمول جریمه نقدی برابر میزان معافیت اعطاشده خواهد بود که جریمه مذکور با توجه به بند ج ماده (11) قانون بدون رعایت مرور زمان قابل مطالبه بوده و قابل بخشودگی نیست.
5. در موارد زیر، کارگروه مجاز است، نسبت به لغو تأیید یا تغییر نوع تایید شرکت/موسسه و یا تجدیدنظر در نحوه ارائه حمایت­ها و پیگیری از مراجع قانونی ذی‌ربط، اقدام نماید:

•  در صورت اثبات موارد خلاف واقع در رابطه با اسناد و مدارک ارائه‌شده توسط شرکت/موسسه، که مبنای تأیید شرکت/موسسه توسط کارگروه در زمان ارزیابی اولیه بوده است؛
• در صورت تخلف از آئین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌های مربوط به تهیه صورت‌های مالی و اظهارنامه مالیاتی.
• در صورت از دست دادن معیارهای ثبت شرکت ‌ها و موسسات دانش‌بنیان مصوب کارگروه؛
• در صورت عدم همکاری در ارسال مدارک موردنیاز در فرآیند ارزیابی شرکت و در فرآیند اعطای معافیت مالیاتی و یا سایر موارد و حمایت‌های قانون در موعدهای مقرر (ازجمله ارائه اظهارنامه، قرارداد و گزارش حسابرسی و غیره).
• در صورت عدم رعایت موارد مندرج در این تعهدنامه.

شرایط پذیرش طرح های حمایتی به شرح زیر می باشند:

تقویت اقتصاد ملی کشور، تقویت دفاع ملی کشور ،اشتغال زایی،  ارتقای سطح طرح ها از نمونه ی صنعتی و یا ارتقا سطح تکنولوژی ، ارتقا از نمونه ضمیمه ی صنعتی محصول به نمونه ی صنعتی و تولیدی طرح هایی که از پتانسیل لازم و توان بالقوه جهت تجاری سازی و رسیدن به فناوری برتر در جهت اشتغال زایی، کسب درآمد و ... برخوردار می باشند و حمایت  از شرکت های دانش بنیانی که در بخش R & D بتوانند سطح توانمندی، تولید و یا کیفیت محصول خود را جهت افزایش توان تولید و رقابت پذیری یا دیگر شرکت ها و تولید کنندگان خارجی ارتقا دهند و با به کارگیری نخبگان  ، گامی در جهت اشتغالزایی داشته باشند. لذا درباره ی امکان استفاده از مزایای قانونی در زمان ثبت شرکت ،نمی توان اظهار نظر کرد و ارزیابی بر مبنای عملکرد شرکت ها پس از ثبت و فعالیت شرکت انجام می شود.

شایان ذکر است،تمدید شرکت های دانش بنیان نوپا دارای اعتبار یک ساله بوده و تنها برای یک دوره یک ساله(مجموعاَ دو سال)می تواند تمدید شود.چنانچه شرکت نتواند در مدت 2 سال پس از تایید دانش بنیان بودن،رتبه بندی خود را به پایان برساند و یا در صورت عدول از شرایط مندرج در این آیین نامه در هر زمان دانش بنیان بودن شرکت ملغی می شود.